COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 18.909337
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 18.771569
2021-03-08 17:00:00 23.345480 18.910110 18.803636
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.695587
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.593459
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.555989
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.524260

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 15.042713
2021-03-09 17:00:00 10.042965 7.827543 15.181586
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 14.448104
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 14.575946
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 14.514644
2021-03-05 17:00:00 9.448662 17.275383 14.682066
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 14.502453

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 15.801135
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 15.739570
2021-03-08 17:00:00 12.962963 14.300961 15.251625
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 14.984241
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.786265
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.575721
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 14.446080

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 8.781633
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 8.639298
2021-03-08 17:00:00 8.113036 3.836207 8.543841
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.563936
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.530164
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.527197
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.493540

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 17.767703
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 17.736018
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.736475 17.750203
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 17.537629
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 17.360227
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 17.320285
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 17.186554

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 38.842997
2021-03-09 17:00:00 43.075013 43.075013 38.474311
2021-03-08 17:00:00 61.473554 61.473554 38.080327
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 37.654940
2021-03-06 17:00:00 43.122081 43.122081 37.138619
2021-03-05 17:00:00 40.218065 31.904349 36.797388
2021-03-04 17:00:00 30.340963 30.340963 36.163126

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.361181
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 20.839742
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.610077
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 20.348044
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 20.085084
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 19.739579
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 19.519658

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.216632
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.173464
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.848972 7.090643
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 7.068929
2021-03-06 17:00:00 6.583825 7.864942 7.051764
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 7.086679
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.072172

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.360062
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 12.448942
2021-03-08 17:00:00 17.282958 12.832700 12.579283
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.495253
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.552113
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.627250
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 12.755845

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 35.062159
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 35.014163
2021-03-08 17:00:00 28.340929 54.310876 34.673086
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 34.111634
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 33.720036
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 33.277543
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 32.686732

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 18.760886
2021-03-09 17:00:00 10.620136 20.989204 18.093127
2021-03-08 17:00:00 20.173410 8.344292 18.171385
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 18.258029
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 17.917926
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 17.870123
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 17.496946

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 6.762468 6.762468 8.484216
2021-03-09 17:00:00 5.442177 5.442177 8.442123
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 8.699050
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.160142
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 9.288274
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 9.638267
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 9.776622

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 68.255152
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 69.730427
2021-03-08 17:00:00 61.538462 150.699301 69.774833
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 68.798679
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 69.184045
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 69.202651
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 69.753125

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 50.276287
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 50.470346
2021-03-08 17:00:00 34.728033 34.728033 52.156626
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 53.664823
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 54.730989
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 56.716979
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 59.508199

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 21.675563
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 21.331311
2021-03-08 17:00:00 28.173590 28.173590 21.430966
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.353598
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 21.159798
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.863616
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.664966

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 29.288892
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 28.396027
2021-03-08 17:00:00 21.146315 45.336419 28.666275
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 28.340969
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 27.972492
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 27.529506
2021-03-04 17:00:00 31.193059 31.193059 27.260903

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 3.874625
2021-03-09 17:00:00 7.097715 3.937773 3.870719
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.353057 3.886698
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 3.892652
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 3.900794
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.906117
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.917088

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 13.587488 12.625028 12.514788
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.473773
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.280913
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 12.063345
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.881797
2021-03-05 17:00:00 11.988912 11.988912 11.751567
2021-03-04 17:00:00 12.436154 12.436154 11.617261

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 9.651320
2021-03-09 17:00:00 8.704348 10.704348 9.603033
2021-03-08 17:00:00 13.015749 7.857311 9.470985
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.430244
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.370473
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.375306
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.276618

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 27.344853
2021-03-09 17:00:00 19.446773 23.721710 28.134838
2021-03-08 17:00:00 33.600000 30.253025 28.423219
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 28.420166
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 28.451648
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 28.710390
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 28.791467

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 6.329243
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 6.389887
2021-03-08 17:00:00 55.555556 18.518519 6.453297
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 6.459510
2021-03-06 17:00:00 4.776119 4.776119 6.512882
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 6.704210
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 6.661237

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 35.667638
2021-03-09 17:00:00 28.832706 38.700361 35.187927
2021-03-08 17:00:00 32.827407 59.822203 34.100649
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 33.597875
2021-03-06 17:00:00 28.400074 28.400074 33.158811
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 32.825211
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 32.351238

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.375250 12.375250 15.042713
Basilicata 14.411028 14.411028 15.801135
Calabria 10.703480 10.703480 8.781633
Campania 19.677022 19.677022 17.767703
Emilia-Romagna 30.563041 30.563041 38.842997
Friuli Venezia Giulia 22.795472 22.795472 21.361181
Lazio 7.356997 7.356997 7.216632
Liguria 11.728395 11.728395 12.360062
Lombardia 32.687759 32.687759 35.062159
Marche 18.840890 18.840890 18.760886
Molise 6.762468 6.762468 8.484216
P.A. Bolzano 52.722772 52.722772 68.255152
P.A. Trento 64.490446 64.490446 50.276287
Piemonte 22.144374 22.144374 21.675563
Puglia 23.201890 23.201890 29.288892
Sardegna 3.137066 3.137066 3.874625
Sicilia 13.587488 12.625028 12.514788
Toscana 10.227003 10.227003 9.651320
Umbria 25.583405 25.583405 27.344853
Valle d'Aosta 6.825939 6.825939 6.329243
Veneto 31.592795 31.592795 35.667638

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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